為杜絕傳染病之發生、傳染及蔓延，衛生管機關特於中華民國九十三年一月二十日修定「傳染病防治法」，明定各類傳染病防治政策及因應措施。所謂法定傳染病，可分為五大類：

一、第一類傳染病：霍亂、鼠疫、黃熱病、狂犬病、伊波拉病毒出血熱、炭疽病、嚴重急性呼吸道症候群。

二、第二類傳染病：流行性斑疹傷寒、白喉、流行性腦脊髓膜炎、傷寒、副傷寒、小兒麻痺症、桿菌性痢疾、阿米巴性痢疾、登革熱、瘧疾、麻疹、急性病毒性Ａ型肝炎、腸道出血性大腸桿菌感染症、腸病毒感染併發重症、漢他病毒症候群。

三、第三類傳染病：結核病、日本腦炎、癩病、德國麻疹、先天性德國麻疹症候群、百日咳、猩紅熱、破傷風、恙蟲病、急性病毒性肝炎 (除Ａ型外)、腮腺炎、水痘、退伍軍人病、侵襲性B型嗜血桿菌感染症、梅毒、淋病、流行性感冒併發重症。

四、指定傳染病：指前三款外，已知之傳染病或症候群，經中央主管機關認有依本法施行防治之必要而予以公告者。已知之傳染病，如後天免疫缺乏症候群、HIV感染、肉毒桿菌中毒、庫賈氏病、萊姆病、鉤端螺旋體、類鼻疽及其他等。症候群包括急性呼吸症候群、急性出血熱症候群、急性神經症候群、急性黃疸症候群、急性腹瀉症候群五種。

五、新感染症：指未知之新興傳染病或症候群，其症狀或治療結果與已知傳染病明顯不同，且經中央主管機關認定其傳染流行可能對國民健康造成重大影響，有依本法施行防治之必要，而予以公告者。

傳染病發生時，民眾應配合接受各級主管機關之檢查、治療或其他防疫、檢疫措施。

傳染病病人之處置措施如下：

一、第一類傳染病病人，應強制或移送指定隔離治療機構施行隔離治療。

二、第二類、第三類傳染病病人，必要時，得強制或移送指定隔離治療機構施行隔離治療。

三、指定傳染病或新感染症病人之防治措施，由中央主管機關公告實施。

為防止傳染病傳入國(境)，採行措施包括商請相關主管機關停止發給特定國家或地區人員之入國(境)許可或提供其他協助；已發給許可者，得予註銷。對入國(境)之特定國家或地區之人員，採行必要防疫措施。為防止傳染病傳出國(境)，於傳染病病人治癒前或有傳染之虞時，中央主管機關得商請相關主管機關禁止其出國(境)。

因傳染病或疑似傳染病致死之屍體，死者家屬對於經確認染患第一類傳染病之屍體應於二十四小時內、染患新感染症之屍體應於中央主管機關公告之期限內入殮並火化；其他傳染病致死之屍體，如有特殊原因未能火化時，應報請地方主管機關核准後，依規定深埋20公尺以上。中央主管機關認為非實施病理解剖不足以瞭解傳染病病因或控制流行疫情者，得施行病理解剖檢驗，死者家屬不得拒絕；經病理解剖檢驗後，應依前項規定處置。

中央流行疫情指揮中心成立期間，各級主管機關對特定防疫物資已開始實施徵用者，對於該種類防疫物資有囤積居奇或哄抬物價之行為且情節重大者，處一年以上七年以下有期徒刑，得併科新臺幣五百萬元以下罰金。明知自己罹患第一類傳染病或新感染症，不遵行各級主管機關指示，致傳染於人者，處三年以下有期徒刑、拘役或新臺幣五十萬元以下罰金。散布有關傳染病流行疫情之謠言或傳播不實之流行疫情消息，足以生損害於公眾或他人者，處新台幣五十萬元以下罰金。